Каждый вертолёт был уничтожен по-разному. Две машины были поражены электроразрядами. На одном из вертолетов были обнаружены записи о том, что есть 3 точки эвакуации военных. Майор решает проверить их все. Первая точка указывала на Скадовск — лагерь вольных сталкеров, не шибко жалующих военных. Вторая точка (ЗРК «Волхов» в окрестностях «Юпитера») кишела зомбированными, третья находилась в Припяти. Как пройти в Припять, никто не знал, однако существовали легенды о некоем подземном путепроводе, который ведёт с завода «Юпитер» в Припять. Майор отправился проверить легенду и наткнулся на вход в этот путепровод. Однако, шлюз заблокирован, а судя по записям, он наполнен ядовитым газом. Посовещавшись с Азотом (техником из лагеря сталкеров на станции "Янов") было решено собрать отряд для похода в Припять, так как туннель, судя по всему, был наполнен мутантами. Дегтярёв находит добровольцев для экспедиции в Припять: бывшего "долговца" Зулуса, весёлого и доверчивого сталкера Вано, командира отряда бывших "монолитовцев" Бродягу, а также чудом выжившего второго пилота одного из вертолётов лейтенанта Соколова. Для всех нужны были костюмы с замкнутой системой дыхания. Майор решил эти проблемы.

После того, как отряд вышел из туннеля, он сразу же наткнулся на патруль военных. Майор, решив, что поддерживать сталкерскую легенду более не имеет смысла, предъявляет патрулю документы агентаСБУ. Не всем из его отряда такая новость пришлась по душе. Зулус, шедший с майором, говорит, что с военными и СБУ, дела не имеет, и уходит из отряда. Позднее его можно встретить, у опавшего участка школы в Припяти. Далее, патруль сопроводил майора и сталкеров на укрепленный пункт, где держались остатки военных из группы «Скат». Командир военных — полковник Ковальский — описал печальную ситуацию: операция «Фарватер» провалилась, связи с Центром нет, личный состав каждый день несет потери в столкновениях с мутантами, аномалиями и фанатиками группировки «Монолит». Необходима срочная эвакуация, однако, как в свою очередь поведал майор Дегтярёв, эвакуации не будет, пока он доподлинно не установит причины падений вертолётов. Единственная доступная версия — вертолеты, сбитые из неизвестного оружия с огромной пробивной силой. Полковник Ковальский доложил, что его разведчики выследили группу монолитовцев, чей командир-проповедник владеет подходящим по описанию оружием. Солдаты Ковальского и Дегтярёв устроили монолитовцам засаду. Оружие удалось захватить, но во время боя оно было серьезно повреждено. Полковник Ковальский попросил Дегтярёва напрячь связи среди вольных сталкеров и найти техника, который сможет починить оружие. Таким техником оказался Кардан с Затона. Неизвестное оружие оказалось гаусс-пушкой. Причина крушения части вертолетов была установлена. Однако даже сверхускоренная пуля не могла выжечь электронику остальных вертолетов. Также, в процессе расследования происхождения неизвестного оружия, к Дегтярёву в руки попала ключ-карта от секретной лаборатории в Припяти — Х8. Майор отправился в лабораторию и собрал все сведения и документы, которые нашел. Из них выяснилось, что в лаборатории проводились разработки «Выжигателя мозгов». Также из документов выяснилось, что разработку излучателя вели основатели группы «Чистое небо».

Выбравшись из лаборатории Х8, майор получил сообщение от полковника Ковальского — радист военных нашел причину отсутствия связи с Центром. Ею оказались заградительные радиопомехи от неизвестного излучателя. Уничтожив излучатель — один из алтарей с пси-антенной группировки Монолит — майор прервал затянувшееся радиомолчание. Вскоре пришло еще одно сообщение — недалеко от базы военных был обнаружен странный сигнал, источник которого находился где-то под землей. Выяснилось, что источником оказался Стрелок — сталкер, герой первой части. Он сказал, что был на ЧАЭС и может многое рассказать военным. Также Стрелок открыл причину, по которой вертолёты разбились — после выброса аномалии появляются в новых местах, и карты, по которым летели военные, просто устарели.

Получив сведения о причинах провала операции «Фарватер» и внеся коррективы благодаря сведениям Стрелка, Центр отправляет к Припяти вертолеты.