Игрок может выбирать стиль прохождения. На выставке gamescom в августе 2010 года демонстрировалось прохождение одного из эпизодов тремя способами: силовым, мирным и с использованием скрытности. При желании игра может быть пройдена практически без кровопролития, за исключением обязательных боёв с боссами.^[17] Игровой процесс рассчитан на 20—30 часов при игре на среднем уровне сложности.^[17]

Разработчики отказались от концепции универсальных боеприпасов, введённой в Deus Ex: Invisible War. Разные виды оружия имеют разные боеприпасы, как в оригинальной Deus Ex. В большинстве случаев используется вид от первого лица. Переключение на вид от третьего лица происходит в режиме скрытности, при использовании укрытий и специальных умений, а также во время рукопашного боя.

Также будет реализована система автоматической регенерации здоровья чтобы динамика игры не нарушалась постоянными поисками аптечек. По словам разработчиков, игрокам всё ещё придётся думать тактически, несмотря на это нововведение.