Вертолёты успешно прилетают, начинается операция по эвакуации, во время которой на группу нападают многочисленные отряды зомбированных и группировки «Монолит». Далее ход сюжета зависит от игрока. Дегтярёв может улететь из Зоны на вертолёте, либо остаться (продолжить игру в режиме «Freeplay»), воспользовавшись впоследствии услугами проводников Лоцмана или Гарика, чтобы уйти из Зоны.

Концовка игры представлена слайдами. Игроку рассказывается судьба большинства ключевых персонажей, а также о дальнейшей жизни на посещенных локациях. Каждому персонажу или локации посвящено несколько секунд из финального ролика. Каждый слайд имеет несколько вариантов исхода событий. Содержание слайдов зависит от прохождения различных квестов.